Con la clasificación a la Copa Libertadores 2008 asegurada tras el título obtenido, Estudiantes mantuvo la base del equipo campeón y volvió a ser protagonista en el Torneo Clausura 2007, obteniendo el 3.er lugar en la tabla de posiciones y, a su vez, la tercera mejor campaña de su historia desde que se disputan «campeonatos cortos», con 37 unidades; le ganó al campeón, San Lorenzo, y obtuvo otra victoria en el clásico ante Gimnasia, al que derrotó como visitante después de 12 años, tras ganarle por 2-1 luego de ir en desventaja y de jugar con un futbolista menos, por la expulsión de Calderón, desde los 3 minutos del primer tiempo.
Después de esa temporada, con las salidas de Sosa ,Calderón y Mariano Pavone, el equipo tuvo un irregular comienzo en el Torneo Apertura 2007, pese a lo cual acumuló una serie de 9 partidos sin derrotas y finalizó en el 6.º puesto.
Al año siguiente, en el Torneo Clausura 2008 (simultáneamente participó de la Copa Libertadores, siendo eliminado por el campeón Liga de Quito en octavos de final), el equipo continuó en los puestos de vanguardia hasta la penúltima fecha y compartió la segunda posición del certamen junto a Boca Juniors, quien igualmente se consagró subcampeón por mejor diferencia de goles..
Luego de esa victoria, con Leonardo Astrada como entrenador y con la base del equipo campeón en 2006 Estudiantes cosechó una serie favorable de victorias en el torneo local y en la Copa Sudamericana, competencia que disputaba por tercera vez en su historia y en la que llegaría hasta la instancia final.
En el torneo internacional eliminó, sucesivamente, a Independiente, Arsenal, Botafogo de Brasil y Argentinos Juniors, a este último ya en semifinales. El partido decisivo lo disputó ante el Internacional de Porto Alegre, quien lo venció en el encuentro de ida disputado en La Plata (1-0) y cayó por el mismo marcador en los 90 minutos reglamentarios de la vuelta. Al igualarse la serie, se jugaron 30 minutos de tiempo suplementario, donde el conjunto brasileño consiguió el definitivo empate que le permitió quedarse con el título.
