, Estudiantes se repuso futbolísticamente tras una fugaz conducción de Carlos Bilardo como entrenador entre 2003 y 2004, que volvió a dirigir al club por cuarta vez en su historia; y con dos importantes campañas en el Apertura 2004 y el Clausura 2005, ya con la conducción de «Mostaza» Merlo.
En esta etapa se destacaron futbolistas surgidos de las divisiones inferiores del club como Ernesto Farías; Marcos Angeleri; José Sosa; Marcelo Carrusca, o Mariano Pavone, goleador del Torneo Clausura 2005. Ese, triunfo que le permitió a Estudiantes alcanzar la marca de 1.000 partidos ganados en la era profesional. Esa cifra sólo la han obtenido, además de Estudiantes, los denominados cinco grandes y Vélez Sarsfield.
Las dos buenas campañas del equipo dirigido por Reinaldo Merlo en la temporada 2004/05 le posibilitaron a Estudiantes volver a las competiciones internacionales, clasificándose para la Copa Sudamericana 2005 y la Copa Libertadores 2006. Sin embargo, Merlo renunció pocos días antes de comenzar el Torneo Apertura 2005 y se tuvo que hacer cargo del equipo un nuevo entrenador, Jorge Burruchaga, en una situación de cierta inquietud.
El año 2005 fue, además, el del centenario del club, que celebró este aniversario con algunas complicaciones debido a un litigio de años que mantenía con las autoridades de la ciudad de La Plata respecto de la posibilidad de reformar y ampliar su estadio
