Tras disputar la final de la Copa Sudamericana, el equipo reafirmó al año siguiente la exitosa campaña a nivel internacional en el principal torneo continental de clubes y se consagró campeón de la Copa Libertadores por cuarta vez en su historia, repitiendo tras 39 años la gesta del ciclo de Osvaldo Zubeldía en el club.
Estudiantes obtuvo el tetracampeonato de América tras clasificarse segundo en su grupo inicial, al que accedió luego de eliminar a Sporting Cristal de Perú en los partidos derepechaje, y vencer consecutivamente, a partir de octavos de final, a Libertad de Paraguay, Defensor Sporting y Nacional (los partidos se disputaron sin público visitante), ambos de Uruguay. En la final se enfrentó al Cruzeiro de Brasil, igualando 0-0 como local y venciendo por 2-1, tras ir en desventaja, con goles de Gastón Fernández y Mauro Boselli, en la vuelta disputada en el Estadio Mineirão de Belo Horizonte.
Alejandro Sabella, Asumio después del alejamiento de Leonardo Astrada .quien se consagró de manera invicta con un récord de ocho victorias (ganó los últimos tres partidos que disputó en condición de visitante, incluyendo la final) y tres empates.
Estudiantes, campeón de la Libertadores 2009.
Estudiantes tuvo al máximo goleador del torneo (Mauro Boselli, con ocho conquistas) y logró su primer triunfo en la historia de la Copa Libertadores jugando como visitante ante un equipo brasileño, siendo el segundo club argentino en consagrarse campeón ganando el partido decisivo en Brasil. Además
La noche de la consagración, el 15 de julio de 2009, Estudiantes formó con su alineación base: El plantel fue recibido luego de la coronación por los simpatizantes, en el Aeropuerto de Ezeiza, y escoltado en caravana hasta el Palacio Municipal de La Plata, donde continuó el multitudinario festejo de la conquista.
Tras este logro, Estudiantes se convirtió en el segundo equipo argentino en disputar un Mundial de Clubes de la FIFA, torneo en el que también alcanzó la instancia final: derrotó en semifinales a Pohang Steelers de Corea del Sur, por 2-1, con goles de Leandro Benítez, y perdió el partido decisivo ante el F. C. Barcelona, en tiempo suplementario, también por 2-1, luego de igualar 1-1 en los 90 minutos reglamentarios.
