Estudiantes posee alrededor de 38.000 socios, ubicándose como uno de los clubes nacionales con mayor cantidad, y más de 40 peñas, ya sean filiales o asociaciones, en varias ciudades de Argentina y del mundo, como las de Ushuaia, Salta, San Salvador de Jujuy, Búzios, en Brasil, o la Agrupación Enrique Guaita, de Anghiari, Italia. Una de ellas, la de la ciudad de Neuquén, funciona sobre la calle Estudiantes de La Plata, luego de que sus miembros impulsaran ante la municipalidad y el Concejo Deliberante local el cambio de nombre de la arteria.
Como en la mayoría de los clubes populares del fútbol argentino, Estudiantes cuenta en su hinchada con la presencia de «barrabravas». El 3 de marzo de 2010, en la estación de ferrocarril de La Plata, un policía federal murió de un disparo en la cabeza efectuado por un simpatizante del club, durante enfrentamientos entre dos grupos de hinchas que luchan por hacerse con el control de la llamada «barra»; además fueron heridas otras dos personas. Desde junio de 2009 se produjeron diversos enfrentamientos por el mismo motivo
